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唇腭裂的原因目前尚不明确，遗传和环境的相互作用可能是导致唇腭裂的原因之一，较常见的因素如下：
1、唇腭裂患者后代发生唇腭裂的机会是正常人的3-4倍；
2、孕期接触不良环境也可引起唇腭裂，如孕早期接触放射线、服用感冒药等。
由于患儿出生后即可表现出唇部或腭部裂隙、畸形，因此唇腭裂的诊断较为直观。若患儿仅腭部裂隙、畸形，患儿父母无法发现。但是患儿饮水或吸奶时，将发生倒流或呛咳，此时到专业医生处就诊，大多数可以发现。唇腭裂胎儿期，妊娠五个月后，即可诊断出。
