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漱口水通常不建议长期使用，特别是医用漱口水。因为漱口水的部分效成分主要是针对致病菌，抑制生长繁殖，达到治愈疾病的目的。口腔正常情况下是一个有菌环境，各种细菌达到动态平衡，若动态平衡被打破，可能导致疾病的发生。所以若长期使用针对某种细菌的漱口水，可能导致相抗衡的细菌生长繁殖，导致新的疾病发生。
若长期使用漱口水，也可能导致其他的问题，如涎腺功能的抑制，即口水不能够较好分泌。还可能导致色素沉着等，特别是对体弱的老人，妊娠期的女性及儿童，都不建议使用漱口水，即使使用漱口水也需到医院，在医生的指导下根据病情变化情况，指导使用漱口水的种类，以及使用时间。
